Distintos problemas han provocado que Mexicana de Aviación reduzca de 20 a nueve el número de destinos que operará en su arranque. En su página de internet, la aerolínea militar adelantó que volará a Acapulco, Guadalajara, Huatulco, Monterrey, Mazatlán, Oaxaca, Puerto Vallarta, Villahermosa e Ixtapa Zihuatanejo a partir del 25 de noviembre de 2023. Para los vuelos a estos destinos, los pasajeros recibirán un correo donde podrán concluir con el proceso de reservación y pago.
En el caso de los pasajeros que hayan reservado boletos para Bajío, Ciudad Juárez, Campeche, Chetumal, Cancún, Cozumel, Hermosillo, La Paz, Mérida, San José del Cabo y Tijuana, a partir del 25 de noviembre de 2023 recibirán un correo donde se les dará una compensación. La reducción de los destinos se ha debido a la falta de aviones en el mercado y dificultades en los procesos de obtención de certificados de operador aéreo. Mexicana no logró la compra de una decena de aviones Boeing con capacidad para 180 pasajeros y tendrá que usar aviones para 50.